Podemos considerar que a Lagoa da Conceição pode ser considerada é a alma de Florianópolis, geograficamente localizada no coração da ilha e atraindo pessoas de todo mundo e todos os tipos de tribos é um local mágico.
A partir de 1964 começou a organizar e dividir o acervo em seis coleções: Zootecnia, Numismática, Arqueológica, Malacológica (conchas de molusco), Geológica e Vestes Litúrgicas
Levou este nome pelo fato dos anos de 1785 era utilizado para abater as baleias a partir da praia da Armação, tem nome original de Saco do Matadouro, fazendo referência ao formato semicírculo da praia.